Saison 2

Un sergent de l'armée et un employé de bureau ont une arnaque dans laquelle ils utilisent des filles de bar pour réclamer des prestations de veuve GI, puis les assassinent pour prendre l'argent. McGarrett et compagnie doivent utiliser les filles pour aller au cœur de l'intrigue.

Un vétéran japonais de la Seconde Guerre mondiale, Yoshio Nagata, s'échappe d'un hôpital psychiatrique et tente d'exécuter ses ordres de guerre de faire sauter une raffinerie.

Une alerte au tsunami est déclenchée et un généticien est évacué d'une conférence. Il est ensuite kidnappé sous les ordres de Wo Fat, mais il utilise son état de santé diabétique comme stratagème pour empêcher Wo Fat de mettre en œuvre le plan de le renvoyer en Chine.

Un vendeur de matériel d'âge moyen du continent utilise une prostituée, puis est témoin de son meurtre par un gangster. Il refuse de témoigner en raison de l'atteinte à sa réputation et qu'il ne veut pas être impliqué. McGarrett doit le persuader de faire ce qu'il faut.

McGarrett doit interrompre son dimanche pour s'occuper à la fois des terroristes et de la politique lorsqu'un groupe révolutionnaire vole des armes à feu dans une caserne pour leur cause à l'étranger.

Un professeur d'université, le Dr Paul Farrar, utilise l'hypnose pour programmer des étudiants afin qu'ils deviennent des assassins. McGarrett utilise une policière comme appât pour le Dr Farrar, mais le plan tourne mal et sa vie est mise en danger.

McGarrett doit contrer une menace du terroriste international Erich Stoss d'utiliser un champignon pour anéantir la canne à sucre d'Hawaï, la moitié de l'approvisionnement mondial.

Quatre étudiants universitaires ourdissent un complot pour voler les robes du roi Kamehameha, et McGarrett et l'équipe doivent faire pression sur le point faible du gang pour récupérer les robes et attraper les voleurs.

McGarrett reçoit un appel téléphonique de Singapour et va secourir Nicole Wylie, un témoin qui a changé d'avis et veut témoigner. Cependant, le couple doit faire face à de nombreux dangers lors de son voyage de retour à Hawaï.

Une tentative d'assassinat contre un éminent politicien, Charles Irwin, conduit Five-O à Mike Finney, un ancien racket qui est abstinent depuis neuf ans. Cependant, Finney insiste sur le fait qu'il est innocent, et la piste d'indices ramène directement à Irwin.

Lorsque l'avion d'un dictateur est détourné vers Hawaï dans le cadre d'un plan visant à le tuer, McGarrett doit faire face à la politique complexe de la situation et protéger le chef détesté.

Lorsqu'un jeune fils d'homme d'affaires s'échappe de captivité par 'The Devil' et 'Mr. Frog', Five-O doit récupérer la rançon de 300 000 $ que le père désespéré a payée.

Deux jeunes hommes jouent à un jeu de plus en plus dangereux et mortel pour les attentions d'une héritière belle mais gâtée, qui les monte l'un contre l'autre.

Un criminel de carrière, Connors, trompe McGarrett et l'équipe pour qu'ils protègent la mauvaise banque et en vole une à proximité, prenant en otage la femme du directeur. Les choses tournent mal quand l'un de ses hommes de main l'agresse et la tue. McGarrett doit courir pour capturer Connors avant qu'il ne puisse faire plus de dégâts.

McGarrett organise une fête d'anniversaire surprise, mais lorsqu'il va emballer les cadeaux dans sa voiture, celle-ci explose et l'aveugle. Danno, Chin Ho et Kono doivent travailler pour attraper les responsables, tandis que McGarrett doit s'habituer à ne pas avoir la vue.

Don Miles, un maniaque de la santé, utilise un exercice de type suspendu pour promouvoir son bien-être, mais sa petite amie Wanda l'essaie et meurt apparemment dans la tentative. Cependant, tout n'est pas ce qu'il semble...

Deux policiers militaires repèrent John Mala, un homme que McGarrett a aidé dans le passé, mais qui a disparu. L'un des policiers est abattu, et la tension monte alors que Five-O et la police militaire s'affrontent dans leurs techniques d'enquête et leur traitement de la population locale.

Un travailleur psychiatrique, George Loomis, tente de rendre fou un autre vétéran du Vietnam, Ted Frazer, afin de dissimuler le fait qu'il a massacré son propre peloton lors d'une action. Loomis kidnappe des garçons et drogue Frazer pour donner l'impression que Frazer est fou et responsable de la tragédie. McGarrett et l'équipe doivent démêler ce réseau de mensonges et innocenter Frazer.

Peter Corman est assassiné lors d'une partie de poker, et son frère Lorenzo débarque à Hawaï pour se venger. McGarrett doit comprendre ce qui s'est passé et empêcher Lorenzo de réaliser ses intentions.

Chin Ho est accusé de corruption et ne peut pas fournir d'alibi pour les nuits en question. Pire, il est appelé au milieu de nulle part pour un coup monté. La position de Chin est menacée et le gouverneur ordonne une enquête. McGarrett et les autres doivent comprendre comment Chin a été piégé et le disculper des accusations.

Lew Morgan et sa femme sont des amis de Danno, mais elle est assassinée et Morgan entreprend de trouver le coupable. Cependant, sa femme semble cacher des secrets qui pourraient avoir causé sa mort.

Un chercheur scientifique, le Dr Royce, est mis en place par des révolutionnaires pour être transporté loin des îles dans un sous-marin. McGarrett doit empêcher que cela se produise et doit également faire face à l'ingérence d'agents fédéraux dans l'affaire.

Le Dr Alexander Kline, un scientifique biologique, considère son travail comme maléfique, et pour le prouver, il prévoit de libérer un germe mortel qui tuerait des milliers de personnes. Trois vaches mortes mènent McGarrett dans une poursuite désespérée pour retrouver la toxine, impliquant un opérateur téléphonique amical et les meilleurs agents de Washington.

La toxine mortelle du Dr Kline est perdue, il réfléchit à son plan et McGarrett doit trouver le flacon avant qu'il ne se désintègre et n'empoisonne toute l'île. La toxine fait déjà son travail mortel alors que des personnes innocentes entrent en contact avec elle.

Camilla Carver, une escroc, fait chanter un politicien pour l'emmener à un événement où elle peut voler l'inestimable émeraude de la reine de Polynésie et l'échanger contre un faux. Cependant, McGarrett et l'équipe sont à l'événement et s'assurent que ni la gemme, ni Carver ni son complice ne disparaissent.